Karain Mağarası, Anadolu ve Yakın Doğu tarihi açısından önemli bir paleolitik merkezdir. Karain Alt Paleolitik'ten geç Roma dönemine kadar görülen yerleşim izleri ile Anadolu arkeolojik çalışmalarında önemli bir boşluğu doldurmaktadır. Yeryüzünde bilinen paleolitik mağaraların çoğu sadece bir dönemi temsil ederken Karain Alt, Orta ve Üst olarak kesintisiz bir katmanlaşma göstermekte ve bu katmanlardan elde edilen veriler, özellikle Avrupa ve Yakın Doğu arasındaki bağlantılar ve göç yolları hakkında fikir vermesi açısından önem taşımaktadır. Karain'den ele geçirilen Anadolu'da bilinen en eski insan kalıntılarının yanısıra mağarada ortaya çıkarılan taşınabilir sanat ürünleri Anadolu sanatının ilk örnekleridir. Ayrıca, verdiği bitki ve hayvan kalıntıları ile Batı Akdeniz'in eski çevresinin ortaya konmasında önemli bir rol üstlenmektedir.